Будівництво синагоги тривало з 1799 р. і до 1854 р. включно. Нова культова споруда постала на місці дерев’яної божниці, спаленої в часи російсько-турецької війни 1768-1772 рр. До 1877 р. вона вважалася головною синагогою м. Чернівці. Її першим рабином став Лазар Еліаc (Еліагу) Іґель (1854-1892). Синагога функціонувала з короткими перервами, спричиненими подіями Першої та Другої світових воєн, до кінця 1950-х років. Восени 1941 – взимку 1942 рр. будівля та вся прилегла територія були частиною єврейського гетто. Рішенням виконкому Чернівецької обласної ради депутатів трудящих від 9 квітня 1959 р. №190/10 приміщення синагоги було передано у власність міської ради для подальшого використання під кінотеатр. З того часу і до наших днів будівля синагоги використовується не за призначенням.